Na jakość wód powierzchniowych ma wpływ wiele czynników. Do najważniejszych z nich należą uwarunkowania naturalne, takie jak warunki klimatyczne i hydrologiczne, czy zdolność samooczyszczania oraz presje antropogeniczne. Zanieczyszczenia pochodzące ze źródeł przemysłowych i komunalnych oraz spływy powierzchniowe zawierające związki biogenne, środki ochrony roślin oraz wypłukiwane frakcje gleby to główne zagrożenia jakości wód. Istotne źródło zanieczyszczenia stanowią także nie oczyszczone wody opadowe odprowadzane z terenów zakładów, ciągów komunikacyjnych miast i wsi.
Wielkość oddziaływania zanieczyszczeń rolniczych na środowisko wodne jest bezpośrednio związana z poziomem intensywności użytkowania gleb i stopniem koncentracji produkcji zwierzęcej w poszczególnych rejonach – obszarach zlewni. Do środowiska wodnego dostają się niespożytkowane przez uprawy składniki nawozów mineralnych i naturalnych oraz inne substancje używane aktualnie w produkcji rolniczej. Do wód powierzchniowych przenikają także substancje chemiczne „skumulowane - nagromadzone” w poprzednich latach w glebach, a także z zanieczyszczonych wód gruntowych, uwalniane poprzez wody opadowe (spływy podpowierzchniowe) czy też zmiany poziomów wód gruntowych (szczególnie w okresach mokrych).
Problemem są także nieskanalizowane wsie i ścieki bytowo-gospodarcze gromadzone w szambach, odprowadzane wprost do cieków poprzez szczątkowe kanalizacje burzowe a także do szeregu obniżeń, oczek wodnych i stawów, które w efekcie końcowym wpływają na jakość wód powierzchniowych i gruntowych.